Los bosques húmedos y pinares se extienden en las Antillas Mayores fundamentalmente sobre las zonas montañosas, aunque en algunas zonas llanas quedan remanentes importantes desde el punto de vista de conectividad. Las mayores extensiones se conservan en la isla La Española, el oriente de Cuba y Jamaica. De estos bosques, los de mayor importancia para la conectividad se extienden en Cuba sobre áreas de la cordillera de Guaniguanico, la Sierra Maestra y el macizo de Sagua-Baracoa, fundamentalmente en la reserva de la biosfera de Cuchillas del Toa. En La Española las áreas de máxima importancia para la conectividad están en el sur, formando parches en la sierra de Bahoruco, macizo de la Selle y el pico Macayá.
Los bosques secos y matorrales xerofíticos se extienden en las Antillas Mayores formando corredores asociados a zonas costeras presentes o, en el caso de La Española, que existieron en épocas geológicas recientes. De ellos, los de mayor importancia para la conectividad son los del parque Nacional Jaragua, seguidos por los situados en la cayería norte de Cuba, el norte de Cuba entre La Habana y Varadero, los extremos oeste y sureste de Cuba, el extremo noroeste de Haití y el sureste de República Dominicana.
Debido a la evolución paleogeográfica diferenciada de las islas que componen a las Antillas Mayores, los manglares tienen una distribución geográfica desigual en esta subregión. Cuba, el mayor archipiélago de todo el Caribe, con más de 5000 km de costa y más de 4000 islas y cayos predominantemente bajos, alberga más de 5000 km2 de manglares, que representan más del 80% de todos los existentes en el área. Le siguen en importancia los de La Española, con apenas 500 km2.
Al realizar el análisis de la importancia para la conectividad, se encontró que los manglares de mayor importancia se hallan en el norte de Cuba a lo largo del archipiélago de Sabana-Camagüey, la costa norte de las provincias de Artemisa y Pinar del Río desde Bahía Honda hasta Santa Lucía y en la costa norte de la península de Guanahacabibes, en el extremo occidental del país. La mayoría de los manglares situados en las costas del sur de Cuba resultaron de alta importancia para la conectividad, con excepciones en la costa sur de la provincia de Mayabeque, la costa norte de la Isla de la Juventud y los cayos intermedios. En La Española destacan con importancia alta para la conectividad los manglares de Tres Bahías, los del Bajo Yuna, y los situados hacia el extremo oriental de la isla. Todos los manglares de Puerto Rico se identificaron como de alta importancia, y en Jamaica, algunos parches situados en el norte de la isla.